La nouvelle loi met fin au Concordat napoléonien de 1801 qui régissait les rapports entre le gouvernement français et l'Église catholique. Inventant la laïcité à la française, elle proclame la liberté de conscience et garantit le libre exercice des cultes.
Article 1er : « La République assure la liberté de conscience. Elle garantit le libre exercice des cultes [...] ». Le premier article crée un large consensus. Le texte ne laisse que peu de marge pour son application, par les mots « assure » et « garantit ».
Article 2 : « La République ne reconnaît, ne salarie ni ne subventionne aucun culte [...] »
Par cette loi, l'État manifeste sa volonté de neutralité religieuse mais ne s'exonère pas de ses responsabilités.
Il veut « garantir » à chacun les moyens d'exercer librement sa religion dans le respect de celles d'autrui. C'est dans cet esprit que sont instituées des aumôneries dans les milieux fermés (casernes, lycées, prisons, hôpitaux)... et, plus tard, des émissions religieuses sur les chaînes publiques de télévision. L'État n'entend en aucune façon limiter la liberté de conscience ni cantonner la religion à la sphère privée. Sur le plan domanial et financier, la loi a trois conséquences majeures :
Les ministres des cultes (évêques, prêtres, pasteurs, rabbins...) ne sont plus rémunérés par l'État (alors qu’avant 1905 ce budget était de 40 millions de francs) et celui-ci se désintéresse totalement de leur nomination (auparavant, l’État nommait les évêques),
Les établissements publics du culte sont dissous et remplacés par des associations cultuelles ; ces dernières pourront recevoir le produit des quêtes et des collectes pour les frais du culte, mais elles ne devront en aucun cas percevoir de subventions de l’État, des départements ou des communes.
Les biens religieux propriété de l'État ou des communes depuis 1789 le restent mais l'État se réserve le droit de les confier gratuitement aux représentants des Églises en vue de l'exercice du culte. La loi de séparation prévoit ainsi un inventaire estimatif des biens mobiliers et immobiliers des fabriques et des consistoires avant de les confier aux associations cultuelles.

la loi de la séparation des Églises et de l’État entraîne une résistance acharnée de Rome, qui interdit aux catholiques de l'accepter et condamne une loi qui a mis fin de façon unilatérale au concordat.

Le vote et l’application de la loi de séparation ont été les dernières étapes du mouvement de laïcisation et de sécularisation engagé en 1789. Le 9 décembre 1905 est une date capitale qui met fin au concordat napoléonien, mais aussi et surtout à l’antique union entre l’Église catholique de France et le pouvoir politique : cette loi de séparation invente la laïcité à la française.
Il faut dire que précedement:
Avant que n’intervienne Jules Ferry, l’enseignement primaire conservait une forte connotation religieuse, du fait de la loi Falloux, libérale et favorable à l’enseignement religieux, votée en 1850 par une assemblée à majorité conservatrice. Cette loi obligeait tous les instituteurs à inscrire le catéchisme au programme et à conduire les enfants à la messe. De plus, toute personne possédant le baccalauréat a le droit de fonder un établissement d'enseignement secondaire privé ; aucune condition n’est exigée des maîtres ecclésiastiques à qui suffit une lettre de régence de l'évêque ; suppression du controle universitaire, réduction de l'autorité des recteurs (un par département), introduction de notabilités et d'ecclésiastiques dans les instances supérieures de l'enseignement public. Sur les 27 membres du conseil supérieur de l'instruction publique qui remplace le conseil de l'université, il y a 7 ecclésiastiques. L'enseignement public est sous le contrôle du clergé.
Jules Ferry et les dirigeants de la IIIe République ne veulent pas seulement des citoyens instruits mais de bons républicains et de bons patriotes. Ils se proposent pour cela d’exclure les religieux de l’enseignement. Devenu ministre de l’instruction publique en 1879, Ferry accomplit une œuvre considérable. Il souhaite bâtir une France républicaine et laïque sur les fondements de l’école.
Une loi de 1879 avait déjà écarté du conseil supérieur et des conseils académiques les évêques et les pasteurs qui avaient été introduits par la loi Falloux. La collation des grades de l'université est désormais réservé aux facultés d’État. Dès mars 1879, le jeune ministre dépose un projet de loi pour retirer aux membres des congrégations non autorisées le droit d’enseigner, mais le Sénat repousse le texte le 2 août. Cela s'oppose à l'objectif de la loi Falloux. Cependant, Jules Ferry et les républicains tiennent bon sur l'interdiction de l'enseignement aux congrégations non autorisées et sur ce point ils ont en tête l'idée d'écarter les Jésuites sur laquelle se cristallise le sentiment anticlérical de l'opinion républicaine. C'est chose faite avec les deux décrets des 29 et 30 mars 1880. Jules Ferry ordonne aux Jésuites sous trois mois de quitter l’enseignement. Il donne ensuite aux enseignants des congrégations catholiques non autorisées le même délai pour se mettre en règle avec la loi ou alors quitter eux aussi l’enseignement. 5000 congrégationalistes sont alors expulsés et certaines municipalités anticléricales expulsent aussi les religieuses en activité dans les hôpitaux.
Jules Ferry devient Président du conseil en septembre 1880 et en profite pour compléter l’application de ses décrets, établit la gratuité de l’enseignement primaire par la loi du 16 juin 1881 et le rend laïque et obligatoire de 6 à 13 ans pour les deux sexes, garçons et filles par la loi du 29 mars 1882. Les locaux sont aussi laïcisés. Cela permet à deux tiers de la population française de savoir lire et écrire. L'école primaire scolarise déjà une grande partie des enfants dans des écoles où la gratuité concerne 60 % des élèves. La loi de 1882 sur l'obligation scolaire ne fait qu'ajouter 600 000 élèves au 3 823 000 déjà inscrits. En revanche, les dépenses de locaux et de matériels font un pas en avant décisif. En 10 ans, le budget de l'éducation triple et dès 1883, 20 000 écoles sont mises en chantier. Le 30 octobre 1886, le personnel enseignant est laïcisé : les religieux n’ont plus de prise sur l'instruction et n'accèdent plus à l'école laïque, le catéchisme n'est plus enseigné, le crucifix disparaît de l'école et les très nombreux enseignants congrégationnistes qui enseignent dans le public doivent y être remplacés dans les 5 ans. C'est pour cela qu'un grand effort de formation des instituteurs est organisé dans des Écoles normales primaires dont les enseignants sont eux-même formés dans les Écoles normales supérieures à Saint-Cloud et Fontenoy.
La bataille pour l'école laïque a donc été le premier maillon qui a mené à l'adoption le 9 décembre 1905 de la loi sur la séparation de l'église et de l'Etat.